Actualités de l'équipe Expression Génétique et Développement

(juin 2021) Stages de master, printemps 2022

Etude de l'implication de la protéine de liaison aux ARNs CELF1 dans la physiopathologie du cristallin
Contact encadrant david.reboutier@univ-rennes1.fr
Contexte médical et scientifique
Le cristallin est la lentille qui permet de faire converger la lumière sur la rétine. La transparence du cristallin est obtenue par l’assemblage très régulier de cellules extrêmement spécialisées appelées fibres cristalliniennes et par la perte de tous leurs organites intracellulaires, y compris de leurs de noyaux. Des prédispositions génétiques ou des modifications liées au vieillissement peuvent conduire à l'apparition d'une cataracte (opacification du cristallin). Malgré l’efficacité de son traitement par chirurgie, cette pathologie oculaire reste un problème majeur de santé publique.
Notre équipe s'est engagée depuis plusieurs années dans l'étude de la physiopathologie du cristallin. Nous avons en particulier identifié la protéine de liaison aux ARNs CELF1, comme étant un acteur majeur du développement du cristallin. Ainsi, des souris chez lesquelles le gène Celf1 est inactivé développent une cataracte congénitale résultant d'une rétention nucléaire et d'une forte désorganisation des fibres cristalliniennes (Siddam et al., 2018). Nous travaillons actuellement à l’identification des cibles de CELF1 impliquées dans l’assemblage des fibres cristalliniennes. Pour cela, nous avons recherché par iCLIPseq les ARNm liés par CELF1 pour identifier ses cibles potentielles.
Objectifs du stage et méthodologie
Parmi les cibles directes de CELF1, nous nous intéressons plus particulièrement aux ARNm codant des protéines impliquées dans l'endocytose, la mise en place des jonctions cellulaires et la régulation de la dynamique du cytosquelette d’actine. L'objectif du stage sera de comprendre comment CELF1 influence ces différentes fonctions cellulaires. Pour cela, nous utiliserons une lignée de cellules épithéliales cristalliniennes WT ou chez laquelle l'expression du gène Celf1 est invalidé. Nous cultiverons ces cellules en 2D ou en 3D, sous forme de sphéroïdes mimant l'organisation d'un cristallin, afin de déterminer quels sont les défauts affectant l'expression ou la localisation de marqueurs spécifiques de chaque fonction. Du point de vue technique, ce stage fera appel à des expériences d'invalidation / expression exogène de gènes codant des protéines d'intérêt, de marquages d'immuno-fluorescence et d'imagerie plein champs, confocale ou à feuille de lumière.
Pertinence des résultats obtenus par rapport à la cataracte
L'ensemble des résultats générés permettra de mieux comprendre l'implication de CELF1 dans la physiopathologie du cristallin. A terme, ils contribueront à l'amélioration de la compréhension des anomalies cellulaires conduisant à l'apparition d'une cataracte et pourrons conduire l’ouverture de nouvelles pistes thérapeutiques non chirurgicales.
Bibliographie:
Siddam, A.D., Gautier-Courteille, C., Perez-Campos, L., Anand, D., Kakrana, A., Dang, C.A., Legagneux, V., Méreau, A., Viet, J., Gross, J.M., et al. (2018). The RNA-binding protein Celf1 post-transcriptionally regulates p27Kip1 and Dnase2b to control fiber cell nuclear degradation in lens development. PLoS Genet. 14, e1007278.

Contrôle de l’activité de l’oncogène MYC par MM-1/PFDN5 dans les cancers HNSCC
Contacts encadrants : xavier.le-goff@univ-rennes1.fr et franck.chesnel@univ-rennes1.fr
Mots clés Oncogène / régulation des protéines / cancer / culture cellulaire / qPCR / siRNA
L’oncogène MYC est un facteur de transcription dérégulé dans de très nombreux cancers. Chez les patients atteints de cancers de la sphère ORL ou HNSCC (Head and Neck Squamous Cell Carcinoma), le pronostic est souvent péjoratif du fait d’un dépistage tardif (à cause de l’absence de marqueurs précoces de diagnostic) et/ou de résistance aux thérapies ciblées utilisées. MYC est souvent hyper-activé dans  ces cancers. La protéine Myc Modulator 1 (MM-1) inhibe l’activité de l’oncogène MYC. Cette même protéine, appelée PFDN5, est incorporée dans le complexe co-chaperon préfoldine, impliqué dans le repliement des protéines néo-synthétisées dans le cytoplasme. MM-1/PFDN5 peut donc agir à la fois comme inhibiteur de MYC et comme chaperon moléculaire dont l’activité peut favoriser la progression tumorale. Le gène PFDN5 génère deux isoformes par épissage alternatif, et nous avons observé que leur abondance relative est corrélée au pronostic de patients HNSCC. Afin d’étudier leurs rôles respectifs dans la régulation de l’oncogène MYC, les deux isoformes Flag-PFDN5 seront surexprimées dans des lignées cellulaires HNSCC en culture et l’effet sur l’activité de MYC sera mesuré par RT-qPCR et à l’aide d’un système rapporteur luciférase. L’effet de la réduction de l’expression des isoformes PFDN5 sur l’activité de MYC sera également testée par interférence à l’ARN.

 

(Janvier 2021) Trois nouveaux stagiaires de M2 nous ont rejoints le 4 janvier 2021

Bienvenue à Laure, Célia et Florian!

(Octobre 2020) Yannick Arlot partenaire d'un financement ANR

Ce projet sur 3 ans est porté par Betty Gardie, Nantes.

(Octobre 2020) Publication dans PLoS Genetics: empêcher la dégradation du suppresseur de tumeur VHL

(Juin 2020) Une nouvelle publication en collaboration avec l'équipe de Salil Lachke

Cette fructueuse collaboration a déjà permis d'obtenir 3 publications en commun. Matthieu Duot commencera un doctorat co-dirigé par les deux équipes en octobre 2020. Le travail ensemble continue!