Thèse Céline Le Bellec

Titre : Analyse intégrative des ARN longs non-codants chez le chien et leurs implications dans le mélanome oral canin, modèle des mélanomes humains

Mots clés : lncRNA, chien, RNA-seq, transcriptome, génomique comparative, élément transposable, cancers

Résumé: Les ARN longs non-codants (lncRNAs) constituent une famille d'ARN hétérogènes qui jouent un rôle majeur dans de nombreux cancers et notamment dans les mélanomes. Le chien est un modèle naturel et spontané pour l’analyse génétique comparée des cancers et, l'annotation du génome canin a récemment été enrichie avec l'identification de plus 10 000 lncRNAs. Afin de réaliser des prédictions fonctionnelles bioinformatiques des lncRNAs, nous avons caractérisé les profils d'expression des lncRNAs canins à partir de 26 tissus distincts. Nous avons défini la spécificité tissulaire de l’expression des lncRNAs et inféré leur fonctionnalité potentielle par des analyses de génomique et de transcriptomique comparatives avec des données humaines issues du projet ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements). Comme chez l'homme et la souris, une grande proportion de lncRNAs canins (44 %) est exprimée de manière spécifique au sein d’un tissu. Par une approche de génomique comparative, nous avons identifié plus de 900 lncRNAs orthologues entre l’homme et le chien et pour 26 % d’entre eux, des patrons d'expression entre tissus significativement conservés (p < 0.05).

Dans le cadre de l'étude des mélanomes canins, nous avons analysé les données de RNA-seq de 52 échantillons tumeurs/contrôles de mélanomes oraux. Nous avons identifié plus de 750 lncRNAs différentiellement exprimés entre la tumeur et le contrôle (FDR < 0.01), dont plus de 100 conservés avec l’homme. Ces lncRNAs constituent de bons candidats pour étudier la régulation de la progression tumorale des mélanomes chez le chien et pourront être évalués pour leurs potentiels diagnostic et thérapeutique en médecine humaine et vétérinaire.

 

Composition du Jury :

Camille BERTHELOT, Chargée de Recherche, CNRS UMR8197, INSERM U1024, IBENS, Paris (Rapporteure)

Clément CARRÉ, Maitre de Conférence, UPMC UMR 7622, Paris (Rapporteur)

Marie-Dominique GALIBERT, Professeure d’universitaire - Praticienne hospitalière, UMR6290, IGDR, CHU/UR1, Rennes (Examinatrice)

Sandrine LAGARRIGUE, Professeure, Agrocampus Ouest, UMR INRA-AO PEGASE, Rennes (Examinatrice)

Denis TAGU, Directeur de Recherche, UMR1349 IGEPP, INRA, Le Rheu (Examinateur)

Laurent TIRET, Professeur DVM, Université Paris-Est, UMR955 INRA-EnVA, Paris (Examinateur)

Christophe HITTE, Ingénieur de Recherche, UMR6290, IGDR, CNRS/UR1, Rennes (Directeur de thèse)

Thomas DERRIEN, Chargé de Recherche, UMR6290, IGDR, CNRS/UR1, Rennes (Co-directeur de thèse) 

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