Christophe HITTE

Informations

Soutien à la recherche

Équipe de Catherine ANDRÉ

02 23 23 47 77

Campus de Villejean / Bâtiment 4 / Pièce 212

Responsabilité

  • Membre du comité d’évaluation scientifique de la thématique « Génomique Environnementale et Agronomique » de France Génomique. 2012-présent.
  • Membre de la commission d'évaluation de l’ANR, Génomique, génétique, bioinformatique et biologie des systèmes (SVSE6). 2011, 2012 & 2013. 
  • Membre de comité d’évaluation scientifique pour l’AERES, 2014.
  • Editeur Associé de BMC Veterinary Research. 2011-présent.
  • Membre du comité scientifique de l’exposition « chien et chat » Cité des Sciences et de l’Industrie. Paris, 2014-2015.
  • Rapporteur expert pour l'évaluation de projet et de financement du FP7-people-COFUND programme 2013-2018, 2014. 
  • Membre de jury du concours de l’Ecole doctorale Vie-Agro-Santé de Rennes1 pour l’attribution des allocations et bourses de thèses, juin 2009 et septembre 2009
  • Membre de jury du thèse, HDR, comité de thèse. 
  • Membre du comité scientifique de la division de génétique animal de l'INRA (Institut National de la Recherche Agronomique). 2017-2020 »
  • Membre du comité des usagers de la plate-forme Bioinformatique, Rennes, Genouest. 2006-présent  

Enseignement

  • Master de Bioinformatique:Université Rennes1: Statistiques pour la biologie; Génomique comparative; Organisation des génomes et polymorphisme génétique.
  • Master de Bioinformatique: Université Rouen: Génomique comparative; Cartographie des génomes

En quelques mots

Mes domaines de recherche sont :  
Annotation du génome - Analyse du génome non-codant - Analyses NGS - Génétique moléculaire du cancer - Analyse de la selection directionnelle - Evolution des canidés - Paleogénétique & ADN ancien

 

Je suis membre des projets et consortium scientifiques suivants :

  • Consortium International :  Natural Environmental Research Council –NERC- , « Deciphering dog domestication through a combined ancient DNA and geometric morphometric approach » (2013-2016). PI : Dr G. Larson (Durham University).
  • Projet « MOLoSSE : ModeLisation statistique de la dépendance dans les études d’association génétiques à l’échelle du génome GWAS ». (2012-213). Projets Exploratoires Pluridisciplinaires –PEPS-, Biology, Mathematics & Informatics. PI, Dr. M. Emily (IRMAR, Agrocampus, Rennes).
  • Consortium International de genetique canine – LUPA- 7th PCRD. PI - Dr. K. Lindblad-Toh, Dr. M. Georges. 2008-2012.
  • Projet « PERCIMAP : Construction of a high-density Tilapia RH map » (2008-2009). Project ANR genomics. PI: Dr. Catherine Ozouf.
  • Projet Européen AquaFirst : Développement d’outils génomiques pour les modèles Dorade et Bar : construction et validation de cartes d’hybrides irradiés, période 2005-2008. Project FP7. PI: Dr. Patrick Prunet.

Publications majeures

  • Wucher V, Legeai F, Hédan B, Rizk G, Lagoutte L, Leeb T, Jagannathan V, Cadieu E, David A, Lohi H, Cirera S, Fredholm M, Botherel N, Leegwater PA, Le Béguec C, Fieten H, Johnson J, Alföldi J, André C, Lindblad-Toh K, Hitte C, Derrien T. FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome. Nucleic Acids Res., 2017. PMID: 28053114

    Frantz LA, Mullin VE, Pionnier-Capitan M, Lebrasseur O, Ollivier M, Perri A, Linderholm A, Mattiangeli V, Teasdale MD, Dimopoulos EA, Tresset A, Duffraisse M, McCormick F, Bartosiewicz L, Gál E, Nyerges ÉA, Sablin MV, Bréhard S, Mashkour M, Bălăşescu A, Gillet B, Hughes S, Chassaing O, Hitte C, Vigne JD, Dobney K, Hänni C, Bradley DG, Larson G. Genomic and archaeological evidence suggest a dual origin of domestic dogs. Science. 2016.

    Vaysse A, Ratnakumar A, Derrien T, Axelsson E, Pielberg GR, Sigurdsson S, Fall T, Seppälä E, Hansen MST, Lawley CT, Karlsson EK, The LUPA consortium, Bannasch D, Vilà C, Lohi H, Galibert F, Fredholm M, Hedhammar A, André C, Lindblad-Toh K, Hitte C and Webster MT. Identification of genomic regions associated with phenotypic variation between dog breeds using selection mapping. PLos Genetics. 2011.

    Abitbol M, Thibaud JL, Olby N, Hitte C, Puech JP, Hédan B, Dréano S, Brahimi S, Uriarte A, Delattre D, Bernex F, André C, Gray F, Delisle F, Caillaud C, Panthier JJ, Aubin-Houzelstein G, Blot S, Tiret L. A canine Arylsulfatase G (ARSG) mutation leading to a sulfatase defiency is associated with neuronal ceroid lipofuscinosis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2010.

    Derrien T, André C, Galibert F, Hitte C. AutoGRAPH: an interactive web server for automating and visualizing comparative genome maps. Bioinformatics 2007.

    Hitte C, Madeoy J, Kirkness EF, Priat C, Lorentzen TD, Senger F, Thomas D, Derrien T, Ramirez C, Scott C, Evanno G, Pullar B, Cadieu E, Oza V, Lourgant K, Jaffe DB, Tacher S, Dreano S, Berkova N, Andre C, Deloukas P, Fraser C, Lindblad-Toh K, Ostrander EA, Galibert F. Facilitating genome navigation: survey sequencing and dense radiation-hybrid gene mapping. Nature Review Genetics. 2005.

    Lindblad-Toh K, coll…., Hitte C, Kim L, Koepfli KP, Parker HG, Pollinger JP, Searle SM, Sutter NB, Thomas R, Webber C, Broad Sequencing Team, Lander ES. Genome sequence, comparative analysis and haplotype structure of the domestic dog. Nature 2005.

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