Frédérique BARLOY-HUBLER

Informations

Chercheur·e

Équipe de Catherine ANDRÉ

02 23 23 45 10

Campus de Villejean / Bâtiment 4 / Pièce 222/2

Responsabilité

2012-2017 Responsable de la plate-forme de Amadeus– Biosit UMR3480
2006-2011 Responsable de l’équipe de bioinformatique B@sic - UMR6026
2001-2006 Responsable de l’équipe de génomique de  Sinorhizobium meliloti - UMR6061             
2006-2011 Co-directrice de l’IFR140        

 

Enseignement

Formation continue en annotation des gènes et des génomes

En quelques mots

Je suis un ingénieur agronome, docteur en biologie moléculaire et microbiologie et chercheur au CNRS depuis 2000.
Je suis spécialisée, depuis les années 90, en analyse in silico des séquences génomiques. Mes objectifs sont de comprendre les bases génomiques de la variabilité phénotypique des organismes, dans le contexte d’applications médicales, agricoles et industrielles (génomique fonctionnelle), d’étudier l’organisation et l’évolution des gènes et des génomes, pour prédire leur fonction et leur histoire (génomique comparative) et pour gérer et partager ces résultats via des outils informatiques dédiés.
Après avoir dirigé une équipe dédiée à la génomique microbienne puis à la bioinformatique appliquée (entre 2000 et 2011) j’ai mené une plateforme d’expertise académique dans l’annotation de génomes et microbiomes (entre 2011 et 2017).

Depuis Janvier 2017, j’ai rejoint le groupe de Catherine André pour développer un projet permettant de comprendre l’impact du microbiote sur le développement des maladies communes aux mammifères, notamment les cancers comme le mélanome ou sarcome.

Mes domaines de recherche inclus :
• Les études en métagénomique (microbiote / microbiome)
• L’annotation  des génomes et des genes
• La modélisation fonctionnelle

Publications majeures

  • Sandrine Le Gall-David, Vincent Meuric, Gaëlle Benzoni, Sophie Valière, Alain Guyonvarch, Jacques Minet, Martine Bonnaure-Mallet, Frédérique Barloy-Hubler. Effect of Zeolite on Small Intestine Microbiota of Broiler Chickens: A Case Study. Food and Nutrition Sciences 2017. Vol.8 No.1.
            
    Brawand D, Wagner CE, Li YI, Malinsky M, Keller I, Fan S, Simakov O, Ng AY, Lim ZW, Bezault E, Turner−Maier J, Johnson J, Alcazar R, Noh HJ, Russell P, Aken B, Alföldi J, Amemiya C, Azzouzi N, Baroiller JF, Barloy-Hubler F, …, Di Palma F. The genomic substrate for adaptive radiation in African cichlid fish. Nature. 2014 : 18;513(7518):375−81.

    Nicolas A, Lucchetti-Miganeh C,  Ben Yaou R, Kaplan JC, Chelly J, Leturcq  F, Barloy-Hubler F, Le Rumeur E. Assessment of the structural and functional impact of in-frame mutations of the DMD gene, using the tools included in the eDystrophin online database. Orphanet Journal of Rare Diseases. 2012 : Jul 9;7:45·

    Lucchetti-Miganeh C, Goudenège D, Thybert D, Salbert G, Barloy-Hubler F. SORGOdb: Superoxide Reductase Gene Ontology curated DataBase. BMC Microbiology. 2011 : May 16;11:105.

    Goudenège D, Avner S, Lucchetti-Miganeh C, Barloy-Hubler F. CoBaltDB: Complete bacterial and archaeal orfeomes subcellular localization database and associated resources. BMC Microbiology 2010 Mar 23;10:88.

    Thybert D, Avner S, Lucchetti-Miganeh C, Chéron A, Barloy-Hubler F. OxyGene: an innovative platform for investigating oxidative-response genes in whole prokaryotic genomes. BMC Genomics. 2008 Dec 31;9:637.

    Sevin EW, Barloy-Hubler F. RASTA-Bacteria: a web-based tool for identifying toxin-antitoxin loci in prokaryotes. Genome Biol. 2007;8(8):R155.

     

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