Thomas DERRIEN

Informations

Chercheur·e

Équipe de Catherine ANDRÉ

02 23 23 65 34

Campus de Villejean / Bâtiment 4 / Pièce 212

 

Responsabilité

  • Membre du consortium FAANG (Functional Annotation of Animal Genomes)
  • Membre du consortium Fr-AgENCODE
  • Développement  et maintenance des outils bioinformatiques suivants :
    • AutoGRAPH (autograph.genouest.org): Serveur de génomique comparative
    • FEELnc (https://github.com/tderrien/FEELnc) : Outil d’annotation des long non-coding RNAs

Enseignement

  • Enseignements de Bioinformatique dans le Master1 et 2 BiG (BioInformatique et Génomique) de Rennes1
  • Enseignements de génomique (annotation des génomes) à la faculté de Pharmacie de Rennes1
  • Enseignement de biostatistiques en L3 de Biologie de Rennes1

Responsabilités partagées

  • Membre du groupe de cohésion sociale de l’IGDR

En quelques mots

Je suis biologiste-bioinformaticien et je m’intéresse plus particulièrement à l'annotation des génomes c'est-à-dire l'identification des éléments génomiques fonctionnels (gènes, ARN non-codants...) par des approches bioinformatiques. Durant ma thèse sur la génétique du chien, j'ai développé une méthode de comparaison de génomes basée sur la conservation de l'ordre des gènes entre espèces (AutoGRAPH). Cette approche a mis en évidence les segments conservés au cours de l'évolution entre le chien et d'autres mammifères et permis d'améliorer l'annotation de son génome par l'identification de plusieurs centaines de nouveaux gènes canins. Pendant mon post-doctorat au CRG (Barcelone), je me suis intéressé aux nouvelles méthodes d'identification d'éléments fonctionnels humains par séquençage haut-débit (ou NGS) dans le cadre du consortium international ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements). Par l’exploitation des données de séquençage de transcriptome (RNA-Seq), j'ai caractérisé un catalogue de ~15,000 ARN longs non-codant (lncRNAs) impliqués dans la régulation de l'expression des mRNAs. J’ai été recruté en tant que chargé de recherche en 2012 et développe des outils bioinformatique (FEELnc : FlExible Extraction of LncRNAs) d’annotation des génomes tels que le chien et d’autres organismes (poulet, puceron, algues…).

Publications majeures

    • # Le Béguec, C., et al. Characterisation and functional predictions of canine long non-coding RNAs. Sci Rep,  8:13444 (2018). 
    • # Wucher, V. et al. FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome. Nucleic Acids Res gkw1306 (2017). doi:10.1093/nar/gkw1306
    • Plassais, J. et al. A Point Mutation in a lincRNA Upstream of GDNF Is Associated to a Canine Insensitivity to Pain: A Spontaneous Model for Human Sensory Neuropathies. PLoS Genet 12, e1006482 (2016).
    • Broeckx, B. J. G. et al. Improved canine exome designs, featuring ncRNAs and increased coverage of protein coding genes. Scientific Reports 5, 12810 (2015).
    • # Derrien T, Estellé J, Sola SM, Knowles DG, Raineri E, Guigó R, et al. Fast Computation and Applications of Genome Mappability. PLoS One. (2012);7. 
    • Derrien, T. et al. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res 22, 1775–1789 (2012).
    • Djebali, S. et al. Landscape of transcription in human cells. Nature 488, 101–108 (2012).
    • Ørom U et al. Long noncoding RNAs with enhancer-like function in human cells. Cell 143, 46–58 (2010).
    • Derrien, T., André, C., Galibert, F. & Hitte, C. AutoGRAPH: an interactive web server for automating and visualizing comparative genome maps. Bioinformatics 23, 498–499 (2007)

    # Corresponding author.

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