Le génome d’un canidé de la grotte Chauvet et son alimentation révélés par l’ADN ancien

La grotte Chauvet-Pont-d'Arc contient certaines des plus anciennes peintures paléolithiques, des milliers d'ossements d’ours des cavernes, ainsi que des restes et des empreintes de multiples animaux, faisant de Chauvet la plus ancienne et la plus précieuse des grottes ornées de la Préhistoire. Dans le cadre du projet de recherche interdisciplinaire consacré à la grotte Chauvet, les scientifiques ont étudié un coprolithe par des approches multi-disciplinaires allant de la datation à l’analyse des génomes anciens (paléogénomique). 

C’est par la datation au radiocarbone de fragments d'os du coprolithe que les chercheurs lui ont attribué un âge de 35 000 ans, similaire aux âges des œuvres d'art paléolithiques et des restes d'ours des cavernes du même secteur de la grotte Chauvet. L’analyse paléogénomique a notamment révélé une grande abondance d'ADN de canidé, représentant près de 10 % de l’ADN total de l’échantillon ce qui est exceptionnel, car dans les échantillons de cet âge, 10 à 100 fois moins d’ADN endogène sont préservés. De l’ADN d'ours des cavernes est également présent dans le coprolithe, mais beaucoup moins abondant que l’ADN de canidé. Les scientifiques concluent que le coprolithe est celui d'un canidé qui avait consommé de l’ours des cavernes, espèce aujourd’hui éteinte mais représentée par plusieurs centaines de spécimens dans la grotte Chauvet. 

L’analyse de l’ADN du canidé a permis de reconstruire une séquence complète du génome mitochondrial, et de montrer qu’il appartient à une lignée maternelle éteinte étroitement apparentée à celle de loups de la même époque découverts en Belgique. L’analyse du génome nucléaire permet de préciser que le spécimen de la grotte Chauvet était une femelle. La comparaison de son génome nucléaire avec celui d'une grande variété de canidés, montre en outre que ce loup ancien de la grotte Chauvet est génétiquement proche des loups gris d'Europe et du Moyen-Orient, et beaucoup moins apparenté aux loups des autres régions du monde et aux chiens actuels.

Au travers de cette véritable aventure dans le temps, on peut dire que le coprolithe est celui d'un animal appartenant à une lignée de loups aujourd'hui éteinte. La consommation d'ours des cavernes par cette louve explique vraisemblablement son intrusion dans les secteurs sombres de la grotte et apporte une information inédite sur la paléoécologie d'un site archéologique majeur.

Localisation et intérieur de la grotte. (a) Localisation géographique de la grotte Chauvet-Pont d'Arc. Pour information, la localisation de la grotte de Lascaux est également indiquée. (b) Topographie de la grotte montrant la position de l'échantillon de coprolithe dans la chambre Hillaire. Les caractères rouges et noirs font référence à la couleur des peintures rupestres dans les secteurs de l'entrée et de la grotte profonde, respectivement. (c) Peinture d'un ours des cavernes éteint dans la salle Brunel ; photographie de Valérie Feruglio, ministère de la Culture.


 

The genome and diet of a 35,000-year-old Canis lupus specimen from the Paleolithic painted cave, Chauvet-Pont d'Arc, France. 
Jean-Marc Elalouf, Pauline Palacio, Céline Bon, Véronique Berthonaud, Frédéric Maksud, Thomas W. Stafford Jr, Christophe Hitte
Ecology and Evolution 23 aout 2022. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/ece3.9238