Thomas DERRIEN

Adresse courriel : thomas [dot] derrien [at] univ-rennes1 [dot] fr

Téléphone : 02 23 23 65 34

Numéro de bureau : Villejean / Bât 4 / 212

En quelques mots

Je suis biologiste-bioinformaticien et je m’intéresse plus particulièrement à l'annotation des génomes c'est-à-dire l'identification des éléments génomiques fonctionnels (gènes, ARN non-codants...) par des approches bioinformatiques.

Durant ma thèse sur la génétique du chien, j'ai développé une méthode de comparaison de génomes basée sur la conservation de l'ordre des gènes entre espèces (AutoGRAPH). Cette approche a mis en évidence les segments conservés au cours de l'évolution entre le chien et d'autres mammifères et permis d'améliorer l'annotation de son génome par l'identification de plusieurs centaines de nouveaux gènes canins.

Pendant mon post-doctorat au CRG (Barcelone), je me suis intéressé aux nouvelles méthodes d'identification d'éléments fonctionnels humains par séquençage haut-débit (ou NGS) dans le cadre du consortium international ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements). Par l’exploitation des données de séquençage de transcriptome (RNA-Seq), j'ai caractérisé un catalogue de ~15,000 ARN longs non-codant (lncRNAs) impliqués dans la régulation de l'expression des mRNAs.

J’ai été recruté en tant que chargé de recherche au CNRS en 2012 et je développe des outils bioinformatique (FEELnc : FlExible Extraction of LncRNAs) d’annotation des génomes tels que le chien et d’autres organismes (poulet, puceron, algues…).

Responsabilité

  • Membre du consortium FAANG (Functional Annotation of Animal Genomes)

  • Membre du consortium Fr-AgENCODE

  • Développement  et maintenance des outils bioinformatiques suivants :

    • AutoGRAPH (autograph.genouest.org): Serveur de génomique comparative

    • FEELnc (https://github.com/tderrien/FEELnc) : Outil d’annotation des long non-coding RNAs

Enseignement

  • Enseignements de Bioinformatique dans le Master1 et 2 BiG (BioInformatique et Génomique) de Rennes1

  • Enseignements de génomique (annotation des génomes) à la faculté de Pharmacie de Rennes1

  • Enseignement de biostatistiques en L3 de Biologie de Rennes1

Publications majeurs

  • Hédan B, Rault M, Abadie J, Ulvé R, Botherel N, Devauchelle P, Copie-Bergman C, Cadieu E, Parrens M, Alten J, Zalcman EL, Cario G, Damaj G, Mokhtari K, Le Loarer F, Coulomb-Lhermine A, Derrien T, Hitte C, Bachelot L, Breen M, Gilot D, Blay JY, Donadieu J, André C. PTPN11 mutations in canine and human disseminated histiocytic sarcoma. Int J Cancer. 2020 Sep 15;147(6):1657-1665. doi: 10.1002/ijc.32991. Epub 2020 Apr 8. PMID: 32212266.

  • Foissac S, Djebali S, Munyard K, Vialaneix N, Rau A, Muret K, Esquerré D, Zytnicki M, Derrien T, Bardou P, Blanc F, Cabau C, Crisci E, Dhorne-Pollet S, Drouet F, Faraut T, Gonzalez I, Goubil A, Lacroix-Lamandé S, Laurent F, Marthey S, Marti-Marimon M, Momal-Leisenring R, Mompart F, Quéré P, Robelin D, Cristobal MS, Tosser-Klopp G, Vincent-Naulleau S, Fabre S, Pinard-Van der Laan MH, Klopp C, Tixier-Boichard M, Acloque H, Lagarrigue S, Giuffra E. Multi-species annotation of transcriptome and chromatin structure in domesticated animals. BMC Biol. 2019 Dec 30;17(1):108. doi: 10.1186/s12915-019-0726-5. PMID: 31884969; PMCID: PMC6936065.

  • Sessegolo C, Cruaud C, Da Silva C, Cologne A, Dubarry M, Derrien T, Lacroix V, Aury JM. Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules. Sci Rep. 2019 Oct 17;9(1):14908. doi: 10.1038/s41598-019-51470-9. PMID: 31624302; PMCID: PMC6797730.

  • Prouteau A, Chocteau F, de Brito C, Cadieu E, Primot A, Botherel N, Degorce F, Cornevin L, Lagadic MA, Cabillic F, de Fornel-Thibaud P, Devauchelle P, Derrien T, Abadie J, André C, Hédan B. Prognostic value of somatic focal amplifications on chromosome 30 in canine oral melanoma. Vet Comp Oncol. 2020 Jun;18(2):214-223. doi: 10.1111/vco.12536. Epub 2019 Sep 13. PMID: 31461207.

  • Hitte C, Le Béguec C, Cadieu E, Wucher V, Primot A, Prouteau A, Botherel N, Hédan B, Lindblad-Toh K, André C, Derrien T. Genome-Wide Analysis of Long Non- Coding RNA Profiles in Canine Oral Melanomas. Genes (Basel). 2019 Jun 23;10(6):477. doi: 10.3390/genes10060477. PMID: 31234577; PMCID: PMC6628375.

  • Hédan B, Cadieu E, Botherel N, Dufaure de Citres C, Letko A, Rimbault M, Drögemüller C, Jagannathan V, Derrien T, Schmutz S, Leeb T, André C. Identification of a Missense Variant in <i>MFSD12</i> Involved in Dilution of Phaeomelanin Leading to White or Cream Coat Color in Dogs. Genes (Basel). 2019 May 21;10(5):386. doi: 10.3390/genes10050386. PMID: 31117290; PMCID: PMC6562630.

  • Le Béguec C., et al. Characterisation and functional predictions of canine long non-coding RNAs. Sci Rep,  8:13444 (2018). Wucher, V. et al. FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome. Nucleic Acids Res gkw1306 (2017). doi:10.1093/nar/gkw1306

  • Plassais, J. et al. A Point Mutation in a lincRNA Upstream of GDNF Is Associated to a Canine Insensitivity to Pain: A Spontaneous Model for Human Sensory Neuropathies. PLoS Genet 12, e1006482 (2016).

  • Broeckx B. J. G. et al. Improved canine exome designs, featuring ncRNAs and increased coverage of protein coding genes. Scientific Reports 5, 12810 (2015).
    Derrien T, Estellé J, Sola SM, Knowles DG, Raineri E, Guigó R, et al. Fast Computation and Applications of Genome Mappability. PLoS One. (2012);7. 

  • Derrien, T. et al. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res 22, 1775–1789 (2012).

  • Djebali, S. et al. Landscape of transcription in human cells. Nature 488, 101–108 (2012).
    Ørom U et al. Long noncoding RNAs with enhancer-like function in human cells. Cell 143, 46–58 (2010).

  • Derrien T., André, C., Galibert, F. & Hitte, C. AutoGRAPH: an interactive web server for automating and visualizing comparative genome maps. Bioinformatics 23, 498–499 (2007)

Responsabilités partagées

  • Membre du groupe de cohésion sociale de l’IGDR